公司注册商标应该在当地商标局注册或者第三方代理机构委托办理。

【法律依据】

《商标法》第七条，申请注册和使用商标，应当遵循诚实信用原则。商标使用人应当对其使用商标的商品质量负责。各级工商行政管理部门应当通过商标管理，制止欺骗消费者的行为。